V sezoně 1942 – 1943 začala éra trenéra Květoslava Němce, bývalého výborného středního záložníka. Začal omlazením mužstva, a to si zpočátku nevedlo špatně. Jenže už rok později zaznamenaná dlouholetý kronikář vyškovského fotbalu Jan Nedělník, že ročník 1943 – 1944 zastihl vyškovskou kopanou v útlumu, i když kádr mužstva byl stejný jako v minulé sezoně. Ba co víc, byl ještě posílený o tři hráče z ASO Olomouc, Šenka, Koutného a Sázely, a o brankáře Kosťu ze Židenic.

HSK sestoupil spolu s Ivanovicemi na Hané, přestože jak postupující Slováckou Slavii, tak i druhou Hanáckou Slavii Vyškovští dokázali doma porazit. Shodně 2:0. Kronika uvádí, že o sestupu z předposledního místa rozhodly naopak neúspěchy s posledními Ivanovicemi, s nimiž HSK získal jen jediný bod.

Jan Nedělník, dlouholetý kronikář vyškovského fotbalu.Jan Nedělník, dlouholetý kronikář vyškovského fotbalu.Zdroj: Deník/Zdeněk Vlach

Mužstvo tvořili: Sýkora I, Lžičař, Koudelka, Kostelka, Štolfa, Hanák, Šrámek, Mácha, Moučka, Prášil, Kotouč, Jaroš a další.

Radost fanouškům udělal dorost, který pod vedením Stanislava Müllera postoupil na turnaj nejlepších mužstev Protektorátu v Holešově, kde porazil SK Židenice 1:0, Bystřici 2:0 a s AFK Bohemia i po prodloužení remizoval 0:0. Ve finále Vyškované podlehli 1:3 SK Holešov. „A to byl AFK Boheminas mistr Protektorátu a SK Židenice mistr Moravy,“ zdůrazňuje úspěch dorostenců pan Nedělník.

Sestavu lze odvodit z dobové fotografie: Gútter Olin, Šrámek Petr, Horáček z Topolan, Pásek Jarek, Navrátil Ruda, Müller St. – trenér, Pernica Jarek, Oppelt Mirek, Oppelt Karel, Kozák Mojmír, Boniatti Bohdan, Müller.

O utkání referoval deník Sport.

Naděje HSK Vyškov. – Dorost HSK Vyškov finalistou! Na turnaji nejlepších dorost. mužstev Protektorátu, konaném v Holešově, umístil se správně HSK Vyškov dle svých výsledků na druhém místě. Jelikož byly obavy, že se turnaj včas neskončí a protože mužstvo Vyškova absolvovalo ve velkém vedru čtyři utkání za sebou bez střídání hráčů - někteří z nich byli zranění a značně vyčerpáni - a proto vzdal vedoucí dorostenců Ende ml. po dobrém uvážení druhé místo finalisty ve prospěch domácích, aby tito mohli vybojovat finále s hostující AFK Bohemií. Toto sportovní gesto našeho mužstva a rozhodnutí našeho vedoucího došlo zhodnocení vřelými slovy moravského náčelníka Müllera z Brna v místním rozhlase. Ve finále se utkali SK Holešov s Bohemií, zatímco naše mužstvo se spokojilo s místem třetím. Jest to krásný úspěch našich dorostenců, kteří tak prokázali svou vysokou třídu a doufáme, že budou mít ještě možnost svůj úspěch opakovati. Vždyť Židenice jsou mistr Moravy a AFK Bohemia mistr Protektorátu. Výsledky zápasů, jich se zúčastnila HSK Vyškov: HSK Vyškov - SK Židenice 1:0, HSK Vyškov - SK Bystřice 2:0, HSK Vyškov - AFK Bohemia 0:0 (i po prodlouženém čase), HSK Vyškov - Holešov 1:3. V zápase s AFK Bohemia losem zvítězil HSK Vyškov, když dal náš vedoucí přednost hostům táhnouti los. Po tomto utkání prohráli naši hoši, již velmi vyčerpaní s SK Holešovem 1:3. Naše mužstvo absolvovalo všechna utkání jen s 11 hráči! Za těchto okolností uznal náčelník Müller, že to bylo nad síly našeho mužstva. Branky: Oppelt Mirek 2, Navrátil 2. Obdrželi jsme nejméně branek.

Posledním válečným ročníkem byla sezona 1944 – 1945. Citujeme z kroniky:

V důsledku válečných událostí byly veškeré soutěže přerušeny a hrála se tak zvaná Náhradní soutěž Vyškovského okrsku, jelikož Vyškov a okolí k Ivanovicím patřilo do Hanácké župy Hemeleho. Celá Soutěž byla odehrána na podzim. Na jaře v roce 1945 již blížící se fronta nedovolila pokračovat v soutěži, která byla anulována. První utkání po frontě bylo sehráno 28. 6. s Drnovicemi (podrobnosti nejsou uvedeny). Hráčský kádr zůstal stejný, jen doplněn několika dorostenci. V sestavě se objevuje bývalý dorostenec František Mácha, budoucí prvoligový rozhodčí.

Výsledky Náhradní soutěže Vyškovského okrsku:

– Hoštice 6:0 a 0:3, – Dědice 6:0 a 3:2, – Radslavice 16:1 a 4:2, – Německé Prusy 10:1 a 0:3, – Moravské Prusy 14:0 a 12:2.

Pořadí střelců:

21 - Jar. Bílek, 18 - Jan Hanák, 8 - Vlast. Kostelka, 6 – Fr. Koudelka, 5 – Ruda Navrátil, 3 – Radin Modlitba, 2 - Emil, Štolfa, St. Prášil, 1 – Radin Moučka, Fr. Mácha, Bohdan Boniatti, Čejka, Josef Štěpán, Jar. Lžičař.