Po husitských a uherských válkách v 15. století se Vyškovsko těšilo v 16. století delšímu období míru a prosperity. Pak ale přišly ty nejhorší válečné útrapy, jaké kdy v dějinách jeho obyvatelé zažili. Třicetiletá válka byla pohromou pro celou zemi.
Stavovské povstání českých pánů proti panovníkovi se projevilo také na Vyškovsku, kde řada obyvatel byla evangelického vyznání. A i ti, kdo nebyli, se za těžké doby zachovali oportunisticky. Když se v srpnu 1619 objevila u Vyškova stavovská armáda, měšťané jí otevřeli městské brány. Po Bílé hoře proto kardinál Ditrichštejn město obsadil španělskou posádkou. Vyškov ale nezbavil jeho privilegií. Víc utrpěly třeba Bučovice, které v roce 1620 vypálili Uhři.
Katastrofa přišla na sklonku třicetileté války, za vpádu Švédů v roce 1643. Švédský vojevůdce Linart Torstensson v létě obléhal císařské v Kroměříži. Jeden z oddílů jeho vojsk pronikl na počátku září až k Vyškovu. Velitel města plukovník Schonkirchen vzal nohy na ramena. A tak měšťané zůstali bez ochrany. Švédové se ale protentokrát spokojili s výkupným. Jistě ale přitom vypálili řadu vsí v okolí dnešního okresního města.
Horší to bylo o pár dní později. Torstensson dal totiž svým vojákům město v plen. Švédská soldateska podle dobových zpráv vše vyrabovala, dokonce strhávala z obyvatel šatstvo. Ve Vyškově zpustla většina dvorů. Zcela zničený byl také pustiměřský dvůr.
Celé město vypálili
Roku 1645 přišli Švédové zase a dokonali zkázu z předchozí doby. Jeden z jejich oddílů se za neúspěšného obléhání Brna dostal až k Bučovicím. Jejich obyvatelé čelili útoku stejně hrdinně jako Brňané. Švédům se postavili na odpor všichni obyvatelé zámku včetně vrchnostenských úředníků či sluhů. A uspěli, vojáci odtáhli s těžkými ztrátami. Předtím ale stihli vypálit celé město, které nechránily silné hradby tak jako zámek.
Dokladem těchto pohnutých událostí je zřejmě hromadný hrob, který prozkoumali archeologové v Bučovicích při rekonstrukci silnice I/50 v roce 2009. „Kosterní pozůstatky jsou dokladem nějakého ozbrojeného konfliktu. Na lebkách jsou stopy po sečných ranách. Jedna je dokonce velice dobře zhojená. To znamená, že ten člověk přežil jinak smrtelné zranění,“ uvedla Blanka Mikulková z vyškovského pracoviště Ústavu archeologické památkové péče Brno.
Podle antropologického průzkumu patřily kosti nejméně šesti, možná ale až sedmatřiceti dospělým lidem ve věku od pětadvaceti do čtyřiceti let, mezi mrtvými byly i ženy.
Tělesné pozůstatky zřejmě někdo zahrabal patrně v hromadném hrobě na starém hřbitově poblíž dnešní bučovické hasičské zbrojnice, jenž dnes už neexistuje.
Třicetiletá válka přinesla zkázu také sousednímu Slavkovu a Vyškovu. Tam zůstalo stát asi jen padesát usedlostí, tedy třetina z doby před švédským vpádem. Zcela zpustošené byly Ivanovice na Hané, nejlépe z měst okresu naopak dopadl Rousínov. Každopádně konflikt Vyškovsko zcela zpustošil, takže se z něho vzpamatovávalo dlouhá desetiletí.
