Nejstrašnější válka v lidských dějinách se nevyhnula ani Vyškovsku. Jeho obyvatelé prošli nejtěžší zatěžkávací zkouškou. Druhá světová válka si vyžádala stovky životů místních a navždy pozměnila etnický charakter regionu. Nacisté vyvraždili ve vyhlazovacích táborech na Východě zdejší židovskou menšinu, která ještě před válkou tvořila sice nepočetnou, ale svéráznou komunitu ve všech městech okresu. Po válce se karty obrátily a Vyškovsko museli opustit obyvatelé takzvaného Vyškovského německého jazykového ostrůvku, ať už se provinili či nikoliv. Staré Vyškovsko nenávratně zmizelo v dějinách.
Můžeme být hrdí na to, že obyvatelé našeho okresu se nikdy nesmířili s nacistickou okupací z 15. března 1939. A to ani přes strašný útlak spojený s otevřeným terorem a ničím nezastíranou germanizací, k níž přistoupilo také vystěhování obyvatel z vesnic na Drahanské vrchovině. Ustoupit museli rozšiřování vojenského prostoru pro německou armádu.
Už od roku 1939 bojovali v ilegalitě proti nacistům příslušníci Sokola a vojenské organizace Obrana národa. K nim se připojili také komunisté aktivní hlavně na Rousínovsku a odbojová organizace Lvice. Těžkou ránu domácím odbojářům zasadilo už stanné právo nového zastupujícího říšského protektora Reinharda Heydricha a posléze teror, který propukl v českých zemích poté, co tohoto kata českého národa zabili českoslovenští parašutisté Kubiš a Gabčík vysazení letadlem z Velké Británie.
V závěru války se proti nenáviděným okupantům odvážili pozvednout zbraně také partyzáni. Po porážce Slovenského národního povstání operovali kromě oblasti Prostějovska a Blanenska i na Vyškovsku členové partyzánské skupiny Jermak. Na středním Vyškovsku vyvíjeli od podzimu 1944 svou činnost partyzáni ze skupiny Vyškov – Jindra – Gryc.
Legendární oddíl
Neznámější je ale legendární oddíl Olga pojmenovaný po jeho člence Olze Františákové. Vznikl v lednu 1945 v Nemochovicích, jeho prvními členy byli lidé na útěku: zběhnuvší z nucených prací v Německu, sovětští zajatci i místní. Po střetu s policejními jednotkami i armádou u hájenky Zlatý jelen poblíž Mouřínova a v Brankovicích začalo být oddílu na půdě Vyškovska horko a stáhl se na sousední Kroměřížsko, zejména do Chřibů. K jeho nejslavnějším kouskům patřilo zajetí německého generála tankových vojsk Müllera na zámku v Hošticích poblíž Litenčic.
Nesmíme zapomínat ani na desítky statečných lidí, vesměs mladých mužů, kteří se rozhodli postavit Hitlerovi se zbraní v ruce přímo na frontě v zahraničí. Mnozí sloužili v československých jednotkách ve Velké Británii, na Blízkém východě i v Sovětském svazu.
To už se k Vyškovsku kvapem blížila fronta. Nejsilnější formace německé armádní skupiny střed polního maršála Schörnera se rozmístily v okolí Vyškova, kde byla ostatně kasárna avelká vojenská střelnice. Jednotky 4. ukrajinského frontu Rudé armády na ně zaútočily nástupem od Slavkova.
Začátkem ofenzivy na Vyškov byla slavkovská bitva. Během ní bylo město, kde naposled zazněly výstřely před více než sto lety z napoleonských předovek, několikrát bombardováno sovětským letectvem. Sověti osvobodili 27. dubna Slavkov a o dva dny později Bučovice. Zničili pozice německé armády u Nemojan, v Lulči sovětské bitevní letouny rozstřílely německý muniční vlak. Ještě 29. dubna Rudá armáda osvobodila Ivanovice na Hané, kde se Němci úporně bránili.
Ve Vyškově už němci vyhodili do povětří velká kasárna při „staré“ silnici. Nacističtí potentáti v čele s nenáviděným komisařem Matzalem z města uprchli. Boje o Vyškov byly kruté, střed města byl úplně zničen. Ani poté, co město padlo, se Němci nevzdali a bránili se na Drahanské vrchovině, v Pustiměři a Drysicích. V této vesnici byly boje vůbec nejkrutější, téměř celá její polovina byla úplně zdevastovaná. Až 9. května kapitulovaly poslední německé jednotky u Ježkovic.
Při osvobozování Vyškovska položilo život téměř tisíc vojáků Rudé armády a pětapadesát rumunských vojáků. Nacistickým represáliím i otevřeným bojům s okupanty padlo za oběť šest set obyvatel vyškovského okresu. K tomu je třeba připomenout obrovské materiální ztráty. Třeba dopravu se kvůli opravám zničených silnic a mostů podařilo plně obnovit až několik let po válce.